Исследовательская группа Tunneling Group, то есть команда под руководством доктора. жил. инженер Артур Гура из Центра биотехнологии Силезского технологического университета в рамках сотрудничества с исследователями из Университета Альберты в Канаде и Технологического университета в Турине охарактеризовал основную протеазу SARS-CoV-2 (SARS-CoV-2). 2 Mpro) и сравнили его с соответствующим ферментом вируса, вызывающего SARS (SARS-CoV Mpro).
«Изначально мы хотели сравнить поведение обоих ферментов и на этой основе предложить соединения, которые уже были протестированы и которые можно было бы быстро ввести для ингибирования активности основной протеазы и, таким образом, для подавления размножения вируса. К сожалению, уже в ходе предварительных анализов выяснилось, что карман субстратсвязывающего соединения, в котором будут связываться соединения, ингибирующие активность фермента, очень подвижен, а это означает, что мы не можем использовать короткий путь», — говорит доктор Хаб. об исследовании. Результаты. Артур Гора.
«Кроме того, мы заметили, что наша молекулярная мишень может легко претерпевать дальнейшие изменения, так как она характеризуется высокой эволюционной изменчивостью. Это означало бы, что все наши усилия и усилия наших партнеров могут быть потрачены впустую. Поэтому мы немедленно начали работать над выбором другой - менее подвижный и эволюционно стабильный — участок белка Mpro, с которым потенциальные лекарства могли бы связываться более эффективно», — добавил ученый.
«Мы хотим перехитрить вирус и предсказать дальнейшие возможные пути его эволюции. Мы уже знаем, что вирус, выделенный в Италии, отличается от вируса из Уханя. Мутации, приводящие к изменению основной последовательности протеазы, также являются лишь вопросом времени и мы хотим быть хорошо подготовленными к этому развитию событий", - подчеркнул он.
Ученые могут быстро проверить эффективность связывания выбранных соединений благодаря современной платформе для высокопроизводительного анализа межмолекулярных взаимодействий, предоставляемой NanoTemper. «В этой ситуации можно говорить о большой удаче: в конце прошлого года мы получили грант на приобретение уникальной исследовательской инфраструктуры и с помощью MonolithNT.Automated мы можем проверять несколько сотен соединений в день», — отметил Артур Гура.
Работа по характеристике Mpro SARS-CoV-2 началась, когда стала доступна кристаллографическая структура этого белка. На его основе было проведено молекулярно-динамическое моделирование, которое затем было проанализировано с точки зрения изменений в динамике и поведении белков.
Ученые исследовательской группы Tunneling Group создали программу AQUA-DUCT, которая позволяет анализировать динамику поведения белков с учетом изменений в доступных внутримолекулярных пространствах, что обычно игнорируется в традиционном анализе. Кроме того, исследование было расширено и теперь включает эволюционный анализ вирусных белков Mpro и изучение стабильности белков.
Первые результаты исследований команды доктора жил. «Артура Гура» стала доступна всем заинтересованным лицам в начале марта, а также они ждут рецензий в одном из ведущих журналов.
В состав исследовательской группы Силезского политехнического университета также входят: аспиранты – Каролина Митусиньска, магистр Центра биотехнологии и химического факультета, магистр инж. Мария Бзовка из Объединенной докторской школы и инженер. Агата Рачиньска и англ. Александра Самол с факультета автоматики, электроники и информатики.
PAP - Наука в Польше, Анна Гумулка
лун/агт/
