Факторы окружающей среды имеют важное значение в заболеваемости онкологическими заболеваниями, болезнями системы кровообращения, нарушениями дыхания и болезнями образа жизни. До сих пор никаких систематических исследований не проводилось, поскольку наука еще не разработала соответствующие методы и инструменты. В настоящее время развитие технологий позволяет проводить все более детальные исследования влияния окружающей среды на здоровье человека. В рамках этого исследования поляки должны предоставить высокоэффективное масштабируемое программное обеспечение, необходимое для анализа генетических данных.
ICM участвует в проекте «Платформа оценки экспозиции человека» (HEAP), координируемом проф. Йоаким Диллнер из Каролинского института (Стокгольм, Швеция). На исследования, проведенные 11 партнерами из Европы, было выделено почти 12 миллионов евро.
Инструменты, созданные, среди прочего, польскими ИТ-специалистами позволит анализировать данные, связанные с заболеваемостью и профилактикой отдельных онкологических заболеваний. Их можно будет использовать в базах данных, описывающих потребительские привычки. Проект HEAP также включает анализ данных браслетов, которые носят беременные женщины. Датчики, размещенные в браслетах, позволяют измерять факторы окружающей среды, такие как бактериальная флора или пыльца. Сначала будут приняты во внимание данные из Швеции, Дании и Финляндии.
«В настоящее время некоторое биоинформатическое программное обеспечение не адаптировано к мощным вычислительным системам — особенно тем, которые имеются в суперкомпьютерных центрах. Задача ICM — разработать или адаптировать существующее программное обеспечение к новейшим многопроцессорным архитектурам, чтобы полностью использовать доступные вычислительные мощности и в то же время значительно сократить время, необходимое для выполнения анализа, — говорит профессор. Петр Бала из ICM, цитируется в пресс-релизе, отправленном в PAP.
Он добавляет, что в Польше уже ведется работа над высокоэффективной версией программного обеспечения NCBI-BLAST для сравнения последовательностей ДНК. Более подробную информацию можно найти здесь.
«Приложение позволяет эффективно использовать ресурсы суперкомпьютера и по сравнению с типичной рабочей станцией сокращает время анализа генетических данных более чем в 100 раз – с недель до часов. Программное обеспечение, разработанное в ICM UW, работает быстрее, чем конкурентные решения и гораздо удобнее в использовании», – уверяет профессор Бала.
ICM Варшавского университета — единственное учреждение в Польше, которое участвует в создании Европейской сети Human Exposome. Эта сеть проведет масштабные исследования разоблачения, реализовав 9 проектов на общую сумму более 100 миллионов евро. В программе участвуют 126 учреждений, в основном академических, со всей Европы.
PAP - Наука в Польше, Каролина Душчик
кол/ агт/
